لدى المحكمة الدولية للتحكيم هيكل تنظيمي مكون من ثلاثة أجزاء: (أ) مجلس إداري يشرف على سياسة المحكمة وميزانياتها، (ب) مجموعة من المحكمين المحتملين والمستقلين (أعضاء المحكمة)، (ج) السكرتارية العامة المعروفة باسم المكتب الدولي والتي يترأسها الأمين العام.
كجزء من خدمات حل النزاعات البيئية، تحتفظ المحكمة الدولية للتحكيم بقائمة من المحكمين المتخصصين في المنازعات المتعلقة بالبيئة والموارد الطبيعية، بالإضافة إلى قائمة بالخبراء العلميين والتقنيين الذين يمكن الاستعانة بهم وتعيينهم كشهود في القضية بموجب القواعد البيئية للمحكمة الدولية للتحكيم. كما تحتفظ المحكمة الدولية للتحكيم أيضًا بقوائم المحكمين والخبراء المتخصصين في المنازعات المتعلقة بأنشطة الفضاء الخارجي فيما يتعلق بقواعدها للتحكيم في المنازعات المتعلقة بأنشطة الفضاء الخارجي.
المكتب الدولي
تتكون السكرتارية العامة – المكتب الدولي – من فريق من الخبراء القانونيين والعاملين الإداريين من مختلف الجنسيات.
المجلس الإداري
يتألف المجلس الإداري من ممثلين دبلوماسيون للأطراف المتعاقدة المعتمدون لدى هولندا، يترأسه وزير الخارجية الهولندي. يقوم المجلس الإداري بصياغة سياسة المنظمة بالتشاور مع الأمين العام.
أعضاء المحكمة
أعضاء المحكمة هم محكمون محتملون يتم تعيينهم من قبل الدول الأعضاء بالمحكمة. لكل دولة عضو بالمحكمة صلاحية ترشيح عدد لا يزيد عن أربعة أشخاص "ممن يشهد لهم بالكفاءة في المسائل الخاصة بالقانون الدولي، ويتمتعون بمكانة أخلاقية مرموقة، والذين هم على إستعداد لقبول مهام المحكمين كأعضاء للمحكمة".
